一、選擇質量合格，過期不能用。1 菌肥必須保存在低溫（最適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒溫箱內，有效期為一年，而一些芽孢桿菌要根據生產質量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的達不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品。
二、根據菌種特性，選擇使用方法。 建議大家在使用生物菌肥的時候，基施可用方法有：撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。 不建議沖施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體生物菌肥。
三、盡量減少微生物死亡。 施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，使用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，真菌、細菌都能防治，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農藥灌根。
