首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內在的向外向下伸長的刺激，缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部"表達"能力差，致使根系生長的內在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。

土壤板結的主要原因是有機質的缺失，而不是由于使用化肥。這并不是說化肥對土壤板結沒影響。有機質缺失，化肥對土壤板結影響的烈度就更加凸顯。而有機質豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物， 以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。

所以歸根結底，化肥"使土壤板結"的負面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。

土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。