有機肥料的作用有以下兩方面：
（1）改良土壤，培肥地力。
有機肥料中的主要物質是有機質，施用有機肥料增加了土壤中有機質的含量。有機質可以改善土壤物理、化學和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
（2）增加作物產量和提高農產品品質。
有機肥料中除氮、磷、鉀等養分外，還含有多種糖類，氨基酸等物質，不僅可為作物提供營養，而且可以促進土壤微生物的活動。有機肥料還含有多種微量元素，如畜禽糞便每100千克中含硼 ～ 克，鋅 ～ 克，錳 ～ 克，鉬 ～ 克，有效鐵 ～ 克。有機肥和化肥配合施用增產效果顯著，而且能改善產品的品質，使蔬菜中硝酸鹽、亞硝酸鹽含量降低，維生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
有的有機肥料改良土壤，培肥地力的作用大一些，如秸稈、草炭、堆肥等等；有的有機肥料則以供應農作物所需養分為主，如人糞尿、雞糞等等，這種差別主要視不同有機肥料中有機質和含氮量之間的比例而定。有機質的結構物質主要是碳（C），所以這種比例稱為碳氮比（C/N），C/N大于30的有機肥料其作用以改土為主，C/N小于30的有機肥料其作用以供應養分為主。作物秸稈的C/N在100左右，施入土中，改良土壤的作用很大，由于所含氮素數量很少，在分解腐爛過程中不僅不能釋放出氮素，還要從土壤中吸收氮，秸稈還田時有的地方要加施一點化學氮肥才能加速腐解過程。
