1、提高產量。實踐證明，微生物菌劑特定的肥料效應不僅為農作物提供營養元素，其有效菌還能分泌赤霉素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節、促進作物的生長發育，有利于農作物增產。
2、改善品質。微生物菌劑能有效地改善農產品品質。實踐證明，施用微生物肥料收獲的農產品，蛋白質、糖分、維生素、氨基酸等有益成份含量明顯提高，籽粒、果實豐滿光滑，蔬菜果品色澤亮麗，
既好吃又好看，價值還高。有的微生物肥料產品，還可以減少硝酸鹽的積累，提高農產品的安全性。
3、增強作物的抗逆性能。大多微生物菌劑中的有效菌，具有分泌生素類物質和多種活性酶的功能，能抑制或殺死致病菌，降低病害發生及增強作物的抗逆性，如可增強農作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗鹽堿能力，同時還能有效預防作物生理性病害的發生。
4、提高化肥利用率。微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為鉀、磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。
5、改善土壤養分。微生物菌劑有效菌能夠促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分的供應能力。有效菌所分泌胞外多糖物質，是土壤團粒結構的粘合劑，能夠增強土壤團粒結構，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有機質，活化土壤中的潛在養分，改善土壤中養分的供應狀況。
