醫療機構的污水要進行嚴格的消毒和處理，只有達到相關排放標準后才可以，當然其設計也有一些事項需要注意：醫院污水收集：為了節約經常運轉費用，在采用一等處理流程時，醫院污水應與生活區污水分流；在采用二級處理流程時，醫院污水和生活區污水應與院區內雨水分流。院區污水經排水管網匯集，經過院區內分散的地埋式污水處理裝置(化糞池、隔油池等)預處理后排入污水處理站。含放射性物質、重金屬及其它有毒有害物質的污水，需進行單獨處理方可排入污水處理站。醫院污水處理工藝選擇：醫院污水治理的原則，一方面要考慮污水中細菌、病毒的種類和數量，另一方面還應考慮污水的理化指標和毒理指標，更主要的還需考慮污水的排向和受納水體對水質的要求。根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。