PLC系統程序決定了PLC的基本功能，該部分程序由PLC制造廠家編寫并固化在系統程序存儲器中，主要有系統管理程序、用戶指令解釋程序和功能程序與系統程序調用等部分。
??系統管理程序主要控制DCS的運行，使DCS按正確的次序工作；用戶指令解釋程序將DCS的用戶指令轉換為機器語言指令，傳輸到CPU內執行；功能程序與系統程序調用則負責調用不同的功能子程序及其管理程序。
在輸入采樣階段，DCS以掃描工作方式按順序對所有輸入端的輸入狀態進行采樣，并存入輸入映象寄存器中，此時輸入映象寄存器被刷新。接著進入程序處理階段，在程序執行階段或其它階段，即使輸入狀態發生變化，輸入映象寄存器的內容也不會改變，輸入狀態的變化只有在下一個掃描周期的輸入處理階段才能被采樣到。
在程序執行階段，DCS對程序按順序進行掃描執行。若程序用梯形圖來表示，則總是按先上后下，先左后右的順序進行。當遇到程序跳轉指令時，則根據跳轉條件是否滿足來決定程序是否跳轉。當指令中涉及到輸入、輸出狀態時，DCS從輸入映像寄存器和元件映象寄存器中讀出，根據用戶程序進行運算，運算的結果再存入元件映象寄存器中。對于元件映象寄存器來說，其內容會隨程序執行的過程而變化。