馬鞭草為多年生草本，高30-120厘米。莖四方形，近基部可為圓形，節和棱上有硬毛。葉片卵圓形至倒卵形或長圓狀披針形，長2-8厘米，寬1-5厘米，基生葉的邊緣通常有粗鋸齒和缺刻，莖生葉多數3深裂，裂片邊緣有不整齊鋸齒，兩面均有硬毛，背面脈上尤多。 穗狀花序頂生和腋生，細弱， 結果時長達25百米花小，無柄，最初密集，結果時疏離；苞片稍短于花萼，具硬毛；花萼長約2毫米，有硬毛，有5脈，脈間凹穴處質薄而色淡；花冠淡紫至藍色，長4-8毫米，外面有微毛，裂片5；雄蕊4，著生于花冠管的中部，花絲短；子房無毛。果長圓形，長約2毫米，外果皮薄，成熟時4瓣裂。花期6-8月，果期7-10月。