微灌系統的管道在長期使用后，為避免堵塞，應定期對其進行沖洗。微灌系統的管道沖洗應由上至下逐級進行， 支管和毛管應按輪灌組沖洗。管道沖洗的步驟與要求是:
⑴ 應先打開首部樞紐總控制閥和待沖洗管道的閥門，關閉其他閥門，然后起動水泵，對干管進行沖洗，直到干管末端出水清潔為止。
⑵ 應先打開一個輪灌組的各支管進口和末端閥門，關閉干管末端閥門，進行支管沖洗，直到支管末端出水清潔，再打開毛管末端，關閉支管末端閥門沖洗毛管，直到毛管末端出水清潔為止，然后再進行下一個輪灌組的沖洗。
⑶ 沖洗過程中應隨時檢查管道情況，并做好沖洗記錄。
　微灌系統的管道沖洗作業完成后，應試運行，在試運行中觀察管道的管壁、管件、閥門等處，如發現滲水、漏水、破裂、脫落等現象，應及時處理。