一套完整的滴灌系統，無非是由水源工程、首部樞紐、輸配水管網及灌水器（滴頭）四部分組成。其中用量最為龐大的莫過于系統末端的滴灌管（帶），根據以往的施工經驗、案例表面。整套系統中，最容易出現的問題便是滴頭堵塞。如果使用中不注意、不重視，極有可能因滴頭嚴重堵塞而導致整個滴灌系統報廢。
      當然，滴灌系統在使用過程中經過合理的使用及恰當的保護措施，堵塞問題時完全可以避免的。常見的滴頭堵塞原因主要有一下三種情況。
 物理堵塞
 物理堵塞時引起滴管帶（管）堵塞的最主要原因。灌溉時采用的水質差，不安裝過濾器或安裝劣質過濾器。抑或是過濾系統不完善，則泥沙等雜物被水泵抽取進入輸配水管網，經低壓輸水管道進入滴灌管（帶），在含有雜質的水通過內鑲式（側翼迷宮式）滴頭鋸齒狀流道時，雜物將會堵塞迷宮式流道口，從而滴管帶將無法正常出水，甚至完全不出水。
    
     沉淀物堵塞
     主要是化學肥料及水質中含有的化學無機物沉淀造成。一種原因是滴灌施肥后，未經過及時的過水清洗，造成殘留在滴灌管中的有些肥料會發生沉淀，如硫酸鈣等，從而將滴頭流道堵塞，影響出水效果。二是因為如果滴灌系統水源灌溉水屬于硬水，碳酸鹽含量偏高，長期使用也會在滴灌內管壁生成較多的水垢而堵塞滴頭。
 
     生物堵塞
     生物堵塞也是滴灌中常見的一種堵塞原因。由于作物根系的向水性及不均衡灌溉，會導致根系向滴灌出水孔生長，作物的根系入侵滴灌出水孔，造成滴管帶（管）滴頭的堵塞。另一種情況是灌溉水中藻類及其他微生物的生長而引起的堵塞。如果灌溉水中藻類等生物含量豐富滴灌系統又經常結合施肥灌溉，肥料池等避光設施又不到位。則更容易造成微生物大量繁殖，將滴灌內壁覆蓋堵塞。