小的容器苗可用噴灌，而較大的容器苗就需用滴灌，這樣有利于節約用水，又有利于植物的生長；同時，還需要有與之配套的水泵房，輸排水系統，保證植物的水分供應和過多水分的排出。
    水質、灌溉方式和灌水量是容器栽培生產的重要因素． 
    1、水質 
    只有好的水質，才能培育出高質量的苗木。一般來說，中性或微酸的可溶性鹽含量低的水為佳，有利于植物的生長。水中不含病菌、藻類、雜草種子就更為理想。 
    2、灌溉方式 
    容器苗的灌溉方式主要有噴灌和滴灌，一般來說，灌木和株高低于2米的苗木多采用噴灌，而擺放較稀的大苗則以滴灌為主。國外苗圃業早已采用計算機自動控制滴灌，如現代化的歐美苗圃業．全自動控制滴灌技術不僅可以節約用水，滴灌均勻，還可以兼作施肥，省工省力，且施肥均勻，效果好．從長遠來看，減少的勞動力所節省的費用遠高于滴灌設備的投入．而且，自動控制噴灌的效果也優于人工噴灌，特別是容器栽培，自動滴灌的節水效果更為明顯．不論哪種灌溉方式，灌溉的時間是早晨，這樣可減少病蟲害的發生． 
    由于容器苗木布置較稀疏，間距較大，水大部分進不了容器內，而噴灑在空地上，所以用噴灌會造成水、肥的浪費，同時噴灌會使地面太潮濕不利于田間操作。建議采用滴灌方式為宜。 
    基質的透水性，對滴灌的水量分布影響較大。如果透水性好，滴灌水垂直滲透速度遠大于橫向速度，這樣在容器中只有很小的面積能得到水，所以采用滴灌時 要保證基質能保水，否則滴灌的水大部分都流到地面上。由于水滲透的原因，對于小容器，每個容器用一只滴頭，大的用2-4只滴頭。 
    采用滴灌時，灌水方式與傳統的人工灌水有所不同，一般采用少量多次的辦法。比如原來人工灌水一天灌一次10L水，滴灌則可以2次或3次，每次2-3L即可，灌水總量可以是人工灌水的50-70%。 
    3、灌水量 
    不同植物需水不同，應據此對苗木進行合理分區。需水量相同或相近的苗木分在同一區或組，在灌水時 要確信每容器都能獲得大約等量的水。容器苗的用水量-般要大于地栽苗，灌溉的次數也隨著季節的不同而不同，灌水量和灌水次數依植物的需要而定。 
    由于噴灌的均勻度較差，很難做到每個容器得到等量的水，所以在種植對水份較敏感的品種時，選用滴灌方式。