有機西紅柿在生產過程中完全不使用農藥、化肥、生長調節劑等化學物質，不使用轉基因工程技術，達到了真正的無污染、富營養和高質量的特點。

  在生產過程中有機西紅柿生產基地與常規地塊交界處必須有明顯標記，如河流、山丘、人為設置的隔離帶等。有機西紅柿栽培是可利用害蟲天敵進行害蟲捕食和防治。還可利用害蟲固有的趨光、趨味性來捕殺害蟲。雖然有機西紅柿在種植過程中未使用化肥、農藥，不必擔心有農藥殘留問題，但其表面附著的蟲卵和寄生蟲需要清洗干凈。