反滲透主機主要由增壓泵，膜殼，反滲透膜，控制電路等組成，是整個水處理系統中的核心部分，產水水質的好壞最主要也取決該部分。只要膜的型號及增壓泵的型號選取得當，反滲透主機對水中鹽分的過濾能力都能達到99%以上，出水電導率可保證在10us/cm（25度）以內。

把相同體積的稀溶液（如淡水）和濃液（如海水或鹽水）分別置于一容器的兩側，中間用半透膜阻隔，稀溶液中的溶劑將自然的穿過半透膜，向濃溶液側流動，濃溶液側的液面會比稀溶液的液面高出一定高度，形成一個壓力差，達到滲透平衡狀態，此種壓力差即為滲透壓滲透壓的大小決定于濃液的種類，濃度和溫度與半透膜的性質無關。若在濃溶液側施加一個大于滲透壓的壓力時，濃溶液中的溶劑會向稀溶液流動，此種溶劑的流動方向與原來滲透的方向相反，這一過程稱為反滲透。