沼氣凈化工程一般包括沼氣的脫水、脫硫和脫碳,此外甲烷和的水分加速了管道、閥門和流量計的腐蝕。
目前沼氣凈化有三種方法,即化學吸附法、物理凈化法和生物去除法。
1.化學吸收.化學吸收機理是利用胺、堿、醇等復合溶液吸收劑通過酸堿中和反應吸收沼氣中的CO2、H2S等酸性物質,同時吸收NH3等易溶于水和醇的氣體.另一種化學吸收機制是使用干燥化學品（如Fe2O3）作為吸收劑來吸收雜質氣體.化學吸收的吸收劑可以通過裝置
的自凈系統和更新系統釋放各種雜質和氣體用于再循環,沼氣產生并從厭氧池或沼氣池排出后，通常會混合量的氣體和飽和水蒸汽。隨著管道中的輸送，沼氣的溫度會逐漸下降，蒸汽會在組件中冷凝，然后與氣體合并形成酸性液體，這會對管道和設備造成腐蝕。
2.物理凈化.通過該機制凈化沼氣的主要方法是變壓吸附,根據吸附劑在不同壓力條件下對不同氣體具有不同吸附能力的原理,可以分離沼氣中的不同組分,在沼氣中吸附量大的強吸附組分如H2O、CO2和H2S在壓力下被吸附劑吸附并停留在床內,而吸附量小的弱吸
附組分N2和CH4則從床出口輸出,從而實現沼氣的凈化,如果外部溫度過低，這些水分可能會凍結在管道中,導致管道或閥門堵塞影響整個系統的運行。
3.生物去除.在條件下,微生物的生長繁殖需要沼氣中的一些雜質氣體作為營養物質來凈化沼氣因此,在沼氣脫硫過程中滿足脫硫過程中沼氣的濕度要求，適當冷卻高、中溫沼氣的溫度,并通過旋風脫水去除沼氣中的部分水汽,厭氧消化單元剛剛產生的沼氣是含有飽和水蒸氣的混合氣體。除氣體燃料CH4和惰性氣體CO2外,它還含有比例的H2O和H2O，以及少量的NH3、H2、N2、O2、CO和鹵代烴,沼氣凈化是指從沼氣中去除除CH4以外的氣體。
4.沼氣中的混合在燃燒過程中也會形成二氧化硫,嚴重污染環境.因此當使用或燃燒沼氣時,對其進行凈化,以去除混合的和水蒸氣。