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植物表型組學氣候室分為兩部分：表型傳送區域和表型成像區域；表型傳送區域也稱植物生長區域，所對應的環境參數應完全滿足所培養植物的生長和科研要求，并與成像區域實現的傳送配合和環境隔離。表型成像區域的環境參數應盡量的與傳送區域一致，以保證成像數據的有效性。同時考慮到能耗問題，可以適當的將環境參數放寬，而盡量的縮短傳送距離，使樣本材料在成像區域快速完成數據采集過程，在不影響數據有效性的情況下節約成本。
成像區域：
面積：200㎡
溫度：25℃，±5℃；
濕度：60%RH，±15%RH；
光照：滿足照明需求即可;
新風：2次/h;
傳輸區域：
面積：200-1000㎡
溫度：15-40℃，±2℃；
濕度：55%-85%RH，±7%RH；
光照：燈下1m≥30000lux;
新風：8次/h;
CO2：大氣本底-2000ppm