過濾消毒
反滲透(RO)和顆粒狀活性碳(GAC)過濾法常被用來過濾生產用水，但是也可能成為細菌的滋生地。紫外線能夠有效地消毒RO和GAC的產水，而且已在加工產業中使用多年。
脫氯
GAC過濾器常被用來脫去生產用水中的，除去由于氯水消毒“揮發出”的氣味，從而保證最終產品的味道不走樣、沒有任何多余的味道或氣味。將紫外線消毒系統安裝在GAC過濾器前，能夠改善GAC過濾器的性能，延長活性碳的使用壽命，從而降低運營成本。
糖漿
糖漿可能是微生物理想的滋生場所。盡管糖份含量很高的糖漿并不利于微生物的生長，但是休眠的孢子會在糖漿被稀釋后恢復活性。在加工糖漿和稀釋時進行紫外線消毒能夠確保休眠的孢子完全失去活性。
罐頂空間的消毒
消毒系統也可用于壓力罐或管裝易腐液體內填充空氣的消毒。貯藏罐極易受空氣中散布的孢子的影響。為了防止污染的產生，潛水式紫外線處理系統應運而生，專用于罐頂部空間空氣的消毒。