首先企業要有符合法律法規的證明，如：三同時、環評報告、守法證明等等，這是能申請認證的前提。認證機構會在接到申請方的正式申請書之后，將對申請方的申請文件進行初步的審查，如果符合申請要求，與其簽訂管理體系審核/注冊合同，確定受理其申請。
二：體系建立、運行階段，直接找咨詢培訓機構或者咨詢老師來協助企業做好ISO14000體系，申請方需要按照認證標準要求和組織自己的環境管理活動實際需要來編寫管理手冊、程序文件等體系文件。認證機構在審核過程中，若發現申請方的EMS體系文件不符合要求，則會要求組織采取有效糾正措施直至符合要求，并不斷改進。
認證階段，先申請，然后審核老師進場進行認證審核。 申請方接到審核計劃之后，如果對審核計劃的某些條款或安排有不同意見，立即通知審核組長或認證機構，并在現場審核前解決好這些問題。解決好這些問題之后，審核組正式實施現場審核，主要目的就是通過對申請方進行現場實地考察，驗證管理手冊、程序文件和作業指導書等一系列文件的實際執行情況，從而來評價該環境管理體系運行的有效性，判別申請方建立的體系和ISO14001標準是否相符合。
三：根據注冊材料上報清單的要求，審核組長對上報材料進行整理并填寫注冊推薦表，該表最后上交認證機構進行復審，如果合格，認證機構將編制并發放證書，將該申請方列入獲證目錄。