菹草種植大多采用石芽繁殖，也就是菹草的變態莖，石芽可提供充足的營養和保護，存活率高。；種植菹草也可選擇發芽的石芽，也就是菹草小苗，種植時帶著石芽一起種植，種植密度每平米120棵。也可采挖菹草小苗，盡量不要傷到嫩根和莖葉，采挖的小苗注意不要暴曬，種植區底泥，水質的營養鹽充足，種植前期水位保持30-50厘米，后期適時增加水位，以覆蓋菹草成長高度。