荷花是多年生水生草本；根狀莖橫生，肥厚，節間膨大，內有多數縱行通氣孔道，節部縊縮，上生黑色鱗葉，下生須狀不定根。
葉圓形，盾狀，直徑25-90厘米，表面深綠色，被蠟質覆蓋，背面灰綠色，全緣稍呈波狀，上面光滑，具，下面葉脈從射出，有1-2次叉狀分枝；葉柄粗壯，圓柱形，長1-2米，中空，外面散生小刺。花梗和葉柄等長或稍長，也散生小刺；葉柄圓柱形，密生倒刺。
花單生于花梗頂端、高托水面之上，花直徑10-20厘米，美麗，芳香；有單瓣、復瓣、重瓣及重臺等花型；花色有、深紅、淡紫色、色或間色等變化；荷葉矩圓狀橢圓形至倒卵形，長5-10厘米，寬3-5厘米，由外向內漸小，有時變成雄蕊，先端圓鈍或微尖，雄蕊多數；雌蕊離生，埋藏于倒圓錐狀海綿質花托內，花托表面具多數散生蜂窩狀孔洞，受精后逐漸膨大稱為蓮蓬，每一孔洞內生一小堅果（蓮子）；花藥條形，花絲細長，著生在花托之下；花柱極短，柱頭頂生；花托（蓮房）直徑5-10厘米。
堅果橢圓形或卵形，長 - 厘米，果皮革質，堅硬，熟時黑褐色；種子（蓮子）卵形或橢圓形，長 - 厘米，種皮紅色或白色。花期6-9月，每日晨開暮閉。果期8-10月。荷花栽培品種很多，依用途不同可分為藕蓮、子蓮和花蓮三大系統。
荷花是古老的雙子葉植物之一，同時又具有單子葉植物的某些特征。荷花的胚芽被鱗片包裹著，和單子葉植物相似。從花的結構看，荷花具有3、4層花被，外輪萼片狀，內輪花瓣狀，雄蕊多數，雌蕊離生，花粉粒為單溝舟形。蓮的莖有明顯的分節現象，地下莖節長滿須根。這些都是單子葉植物的特征。荷花的芽為混合芽，人們所見的蓮芽，是藕的頂芽以及各節腋芽的位置。根分為種子根和不定根兩種，播種所出的由種子的胚根所形成的主根不發達，發揮功能作用的是不定根。荷花的莖就是藕，是荷花的地下根狀莖，是荷花儲藏養分和供繁殖的器官。荷花的花單生，兩性，由花萼、花冠、雄蕊群、雌蕊群、花托、花柄等六部分組成。品種多樣，花色豐富。