化糞池的基本原理是利用寄生蟲卵的比重大于糞尿混合液而產生的沉淀作用及糞便密閉厭氧發酵、液化、氨化、生物拮抗等原理除去和殺滅寄生蟲卵及病菌，控制蚊蠅孳生，從而達到糞便無害化的目的。三格化糞池由相聯的三個池子組成，中間由過糞管聯通，主要是利用厭氧發酵、中層過糞和寄生蟲卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，糞便在池內經過30天以上的發酵分解，中層糞液依次由1池流至3池，以達到沉淀或殺滅糞便中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的，第3池糞液成為化肥。