為了實現魚菜的合理搭配和大規模種養，主流做法是將魚池和種植區域分離，魚池和種植區域通過水泵實現水循環和過濾。在栽培部分，主要的技術模式有以下幾種：1、基質栽培：蔬菜種植在如礫石或者陶粒等基質中。基質起到生化過濾和固態肥料過濾的作用。硝化細菌生長在基質表面，具體負責生化過濾和固態肥料過濾。這種方式適合種植各類蔬菜。2、深水浮筏栽培（DWC:Deep water Culture）：蔬菜種植于水槽上，通過泡沫等漂浮材料將其托起。蔬菜的根向下通過浮筏的孔延伸到水中吸收養分。這種方式比較適用于葉類蔬菜。3、營養膜管道栽培（NFT:Nutrient Film Technique ): 通常采用PVC管作為種植載體，營養豐富的水被抽到PVC管道中。植物通過定植籃的固定，種植于PVC管道上方的開口內，讓自己的根訪問水分和吸收營養。這種方式主要用于葉類蔬菜。4、氣霧栽培：直接將養魚的水霧化后噴灑到植物的根系，以達到營養吸收的目的。這種方式也主要用于葉類蔬菜，在噴霧之前需要對水進行充分過濾凈化，以免堵塞噴霧裝置。
