微波鹵肉殺菌設備主要應用的物料為鹵肉。鹵肉又稱鹵菜，主要是將經初步加工過或焯過水的物料再放進鹵水中進行浸泡或煮制，所以鹵肉味道的好壞取決于鹵水，通常分為紅鹵、白鹵、黃鹵。
微波鹵肉殺菌設備還可應用于其他肉制品的殺菌，可為一機多用。例如：微波鳳爪殺菌設備、雞翅微波殺菌設備。在鹵水浸漬加工鹵肉的制作工藝中，所要經過的流程非常多，這就造成了二次污染，使其中的菌落數大大超出了食品的標準。如何殺滅鹵肉中的致病菌，使其保質期延長，又不影響鹵肉的口味成了問題。傳統殺菌設備效率低下、產出率小、耗能大、操作環境混亂。微波設備利用微波的熱效應和生物效應的雙重作用對鹵肉進行殺菌的。經微波殺菌后，殺滅了鹵肉中的霉菌、大腸桿菌和其他致病菌，使鹵肉的保質期得到很大程度的延長。