散裝口服液可用微波加熱設備進行滅菌。但在口服液滅菌后裝瓶時會再次污染。一般情況下，對成品口服液裝瓶時進行滅菌即可。用傳統加熱滅菌法溫度低時，達不到滅菌標準：滅菌溫度高又會使口服液在裝瓶時進行滅菌即可。
用傳統加熱滅菌法溫度低時，達不到滅菌的標準：滅菌溫度高又會使口服液的藥效、營養成分和色、香、味受到影響，而且會造成瓶體的爆，口服液流失。采用10KW的微波對口服液進行滅菌，用用時間2—3分鐘，溫度70—80度，每小時處理量為300升（10毫升/瓶）。經微波滅菌后的口服液各項指標合格，在室溫下放置18個月后，仍符合衛生標準。此外采用微波殺菌還避免了用常熱力殺菌造成口服液中出現沉淀現象。
（1) 加熱速度快 因為微波可以透入食品物料內部，干燥速度快，煩躁時間短，需傳統加熱方法的1/10—1/100(幾分之一或幾十分之一)的時間；因而提高了生產率，加速了資金周轉。
(2) 低溫滅菌，保持營養 微波加熱滅菌是通過熱效應和非熱效應(生物效應)共同作用滅菌，因而與常規熱力滅菌比較，具有低溫、短時滅菌的特點。所以安全、保險，而且能保持食品營養成分不被流失和破壞，有利于保持產品的原有品質，色、香、味、營養素損失較少，對維生素C、氨基酸的保持有利。曬干的鮮菜其葉綠素、維生素等營養成分剩3％，陰干則可以保持17％，熱風干燥可保留到40％，微波干燥則能保留60％—90％，微波升華干燥則可保持新鮮時的97％。