對于袋裝或瓶裝食品，微波憑借強的穿透力，能穿透包裝和包裝內的食品、藥品進行干燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有：
1、先用微波殺菌然后迅速密封或加蓋。
2、密封后放置要壓力容器內再用微波殺菌。
3、真空包裝后再用微波殺菌。