包裝食品殺菌設備設備應用于袋裝或瓶裝食品，微波憑借強的穿透力，能穿透包裝和包裝內的食品、藥品進行干燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝食品殺菌設備應用物料的包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。