廢物不需任何的前處理就可以送入醫用垃圾焚燒爐中焚燒，以免對操作人員造成傷害。暫存倉有害氣體及廢棄物中滲濾液送入高溫焚燒爐中進行焚燒處理，使醫療廢棄物完全無害化。人們對城市小型垃圾焚燒爐造成的環境污染越來越重視，因此醫用垃圾焚燒爐越來越受到重視。醫用垃圾焚燒爐中氯的結合力很強，與其他元素反應后可生成氯化物，是產生有害物質。此外，與氯相同，鹵素系的溴、氟、碘等也有阻燃特性，會在爐內火焰表面形成低溫層，對策是將氯、溴系列的塑料從垃圾中嚴格分類出來，不可以一起焚燒。