醫院內的空氣品質對病人有非常顯著的影響，在負壓隔離病房內空氣品質和換氣率更會影響到醫院的感染控制。高的換氣率可以沖淡病菌的濃度，在低濃度的狀態下，許多病菌的傳染都會相對下降，因此提高負壓隔離病房的換氣率，可以降低醫護人員的感染機會。
負壓隔離病房的建筑材料
在負壓隔離病房里，存在較多的傳染病毒，在選用物料時必須要以易于清潔、無縫隙、不容易藏污垢，并且能抵受各類型的清潔劑，消毒和煙熏等程序所產生的影響為原則。風管要用剛性的，柔性風管絕不適宜。門要自動關門和水龍頭，花灑等要選非接觸式，盡量減少直接接觸的機會。燈具要足夠耐用，減少更換的需要，并且要有保護罩和易于清潔，減少燈具直接接觸污染物和藏污垢。
負壓隔離病房的排污系統
負壓隔離病房的排污系統要特別小心處理，廁所要直接接駁到主污水渠，減少不必要轉彎造成的淤塞，洗手盆、地臺去水和淋浴盆要通過排水隔氣再排到廢水渠，防止污氣由主系統倒流入室內，增加交叉感染的機會。污水和廢水在排出前要消毒處理，避免污染公眾排污系統。
負壓隔離病房的HEPA濾網
從室外進入負壓隔離病房的空氣品質可按照普通病房的標準，G4級別的過濾網已可達到相應要求。相反，由于感染病源在隔離病房內，被污染的空氣在排除室外前，必須小心處理，以免泄露病毒、污染周邊環境。
HTM規定，在有需要時，負壓隔離病房的污氣在排出前須經過濾網潔凈，對于收治高傳染性病人的負壓隔離病房，建議排出室外的空氣需用H13級的過濾網清潔。基于H13清潔的有xiao率為 %（% Efficiency at most penetrating particle size MPPS），可以提供好的潔凈xiao果。為免造成交叉感染，負壓隔離病房的排氣必須與其他排氣系統分開。
HTM對污氣排出的地點和要求也有嚴格的規定。排氣出口須設置在屋頂高位置的三米或以上，且污氣出口附近范圍不可有可打開的窗門和入氣口，防止污氣再次進入建筑物。
由于現實環境變化多端，在復雜的環境下，有必要借助計算機輔助虛擬氣流分析。此外，抽氣扇也要盡量設計在室外近排氣出口的位置，如此大部分風管都會處于相對負壓的狀態，即便風管破損，也可大大降低泄露的程度。