醫院PCR實驗室建設過程中不可忽略的凈化空調系統問題，在施工過程中出了要注意水電問題、還需要重視的是凈化空調系統，實驗室里控制進出實驗室的人員。與實驗無關的人員不得隨意進出實驗室，要設置獨立的通道和進出整個實驗區的門。
1.實驗室空調通風系統設計及壓力控制
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。
2.污染的預防與控制
PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型:擴增產物的污染；基音組的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，應是預防，而不是排除。
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