為什么像供水廠、食品廠、制藥廠等這些會單獨建有無菌室，是因為他們屬于吃的方面，無菌檢驗是出廠或者供給項目的關鍵之一，無菌檢驗方法的應用可掌握測定方法，準確檢測方法的有效性，并適用于試驗樣品的檢驗。
實驗室的布局和運行
實驗室包括有檢驗（無菌檢查）用潔凈室或隔離系統及陽性菌實驗室、培養區、培養基及實驗用具準備（包括滅菌）區、樣品接收和儲存區、菌種貯存區。
無菌檢驗實驗室和陽性菌實驗室的設置一般采用3種方式：
（1)無菌檢驗實驗室、微生物限度檢查室和陽性菌實驗室三室分開，均在萬級背景下的超凈工作臺或生物安全柜中進行相關操作；
（2)無菌檢驗實驗室、微生物限度檢查室和陽性對照室三室分開，共用一套空氣凈化系統、，陽性菌實驗室空氣直排，均在萬級背景下的超凈臺下或生物安全柜進行相關操作；
（3)無菌檢驗實驗室與微生物限度檢查室二室分開，共用一套空氣凈化系統，在1萬級背景下的超凈臺或生物安全柜中進行相關操作，陽性菌實驗室為在非潔凈區內單獨實驗室的生物安全柜內進行.