首先，差距的就是個人賬戶了。職工醫保個人繳費的部分會全部進入個人賬戶，企業繳費的一部分也可以進入個人賬戶，按照各地規定執行。個人賬戶的錢可以歸自己靈活支配、買藥掛號使用都可以，有的人醫保個人賬戶里面有五六千元甚至上萬元。居民醫保，國家明確要求不設立個人賬戶，主要資金用于醫保報銷。
第二，職工醫保可以享受退休待遇。到達法定退休年齡，醫療保險繳費達到當地規定年限的，可以不用繳費，直接享受醫保退休待遇。繳費年限一般是15年到30年，各個地區差異很大。上海和廣州是15年，北京市是女同志20年男同志25年，重慶市是女同志25年男同志30年。居民醫保是活到老繳到老的。
第三，職工醫保報銷比例高。一般來講，職工醫保的報銷比例都在80%以上，尤其是退休職工會有報銷比例的額外傾斜。而居民醫保報銷比例一般也就在50%~70%，肯定會比職工醫保低，否則職工醫保報銷的優越性就沒了，干嘛還要那么多錢呢？具體報銷比例各地差異很大，主要是醫保基金由各地統籌。
另外，職工基本醫療保險還有一些優點，比如的報銷限額高，門診醫療待遇好，大病救助體系全等等。總體來看，就是職工醫保繳費高、待遇高。
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