主要用作生物化學試劑，也用于制顏料等。磷鎢酸被應用于沉淀蛋白質、植物堿和某些氨基酸。相對于磷鎢酸鉀與磷鎢酸銨的不溶性，磷鎢酸鈉可因其可溶性而被應用于定量分析作為試劑。