醫院污水處理系統除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據需要還應單獨處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科診治和化驗室，含有汞、鉻等有害污染物，可用化學沉淀法或離子交換法處理。放射性自來水同位素診治和診斷，低濃度放射性廢水選用衰變池處理，或用化學共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般選用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等仃害物質、含銀廢水可選用電解法回收銀，顯影劑可用化學氧化法處理。