(1)補償方式問題。目前很多部門無功補償的出發點還放在用戶側，即只注意補償用戶的功率因數，而不是立足于降低電網的損耗。如為提高某電力負荷的功率因數，增設1臺補償箱，這固然會對降損有所幫助，但如果要實現有效的降損，必須通過計算無功潮流，確定各點的較優補償量、補償方式，才能使有限的資金發揮MAX的效益，這是從電力系統角度考慮問題的方法。
(2)諧波問題。電容器具備一定的抗諧波能力，但諧波含量過大時會對電容器的壽命產生影響，甚至造成電容器的過早損壞，并且由于電容器對諧波有放大作用，因此使得系統的諧波干擾更嚴重，此外，動態無功補償柜的控制環節，容易受諧波干擾，造成控制失靈，因而在有較大諧波干擾、需考慮補償無功的地方，同時也應考慮添加濾波裝置，然而這一問題常常被忽視，致使一些補償設備莫名其妙地損壞，因此在做無功補償設計時必須考慮諧波治理。
(3)無功倒送問題。無功倒送是電力系統所不允許的，因為它會增加線路和變壓器損耗，加重線路負擔。無功補償設備的生產廠家，雖然都強調自己的設備不會造成無功倒送，但是實際情況并非如此。對于接觸器控制的補償柜，補償量是三相同調的，對于晶閘管控制的補償柜，雖然三相的補償量可以分調，但是很多廠家為了節約資金，只選擇一相采樣和無功分析，于是在三相負荷不對稱的情況下，就可能造成無功倒送；至于采用固定電容器補償方式的用戶，在負荷低谷時，也可能造成無功倒送。因此在選擇補償方式時，應充分考慮這一點。
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