紅豆杉常綠喬木或灌木，雌雄異株、異花授粉。球花小，單生于葉腋內，早春開放。雄球花為具柄、基部有鱗片的頭狀花序，有雄蕊6-14，盾狀，每一雄蕊有花藥4-9個；雌球花有一頂生的胚珠，基部托以盤狀珠托，下部有苞片數枚。種子堅果狀，球形，著生于紅色肉質杯狀假種皮中，當年成熟。為典型的陰性樹種。散生，基本無純林存在，也很少團塊分布。只在排水良好的酸性灰棕壤、黃壤、黃棕壤上良好生長，苗喜蔭、忌曬。其種子種皮厚，處于深休眠狀態，自然狀態下經兩冬一夏才能萌發，更新能力弱。