三色堇是堇菜科堇菜屬的二年或多年生草本植物。基生葉葉片長卵形或披針形，具長柄，莖生葉葉片卵形、長圓形或長圓披針形，先端圓或鈍，邊緣具稀疏的圓齒或鈍鋸齒。 莖高10-40cm，全株光滑。地上莖較粗，直立或稍傾斜，有棱，單一或多分枝。基生葉葉片長卵形或披針形，具長柄；莖生葉葉片卵形、長圓狀圓形或長圓狀披針形，先端圓或鈍，基部圓，邊緣具稀疏的圓齒或鈍鋸齒，上部葉葉柄較長，下部者較短；托葉大型，葉狀，羽狀深裂，長1-4cm。