循環水養殖系統的的水處理工藝中必須安裝微濾機。微濾機去除循環水中固態懸浮的功能，對系統中生物濾床硝化作用有正面的影響。雖然氨氮轉化菌的生長也需要一定的有機物, 魚類排泄物及餌料殘渣使養殖水體的有機物含量較高，過多的有機物會引發有機物消化菌的繁殖,并與氨氮轉化菌在生物膜中競爭生長空間、溶解氧及營養物。有機物消化菌的繁殖率比氨氮轉化菌要快得多,這將造成養殖系統生物過濾器氨氮去除率低，例如,當生化需氧量(COD)與氨態氮之比大于 時,氨氮去除率將下降70%左右。有實驗表明使用微濾機，生物濾床進、出水口之亞硝酸態氮濃度平均差高于 ，不使用微濾機之平均濃度差為 以下。所以微濾機對循環水養殖系統的水質改善具有實質上的貢獻。對于降低養殖排放水對環境所造成的影響及節省水資源，有很大的益處；