殼聚糖酶在工業上可用于殼寡聚糖（Chitooligosaccharides，簡稱COSs）的制備，由于COSs較好的水溶性，更利于人體吸收，因而COSs在食品工業中上可作為添加劑；COSs在醫藥、診斷試劑等方面有著非常誘人的前景，特別是聚合度在5、6的COSs更是具有較強的抗感染、抑制腫瘤的活性；COSs具有 作用，能對植物病原菌產生拮抗作用，誘導植物產生 物質。但是利用化學合成方法生產COSs（尤其是具有較強生理活性的殼五糖和六糖）非常困難，產率低、生產成本較高且易污染環境，而使用專一性的殼聚糖酶通過降解生產COSs卻有著 、環保等有點，因此利用殼聚糖酶生產COSs已經成為目前研究應用的熱點。
殼聚糖酶是一種RP蛋白，可以提高植物的抗病能力。同時利用殼聚糖酶降解一些真菌細胞壁，用以鑒定細胞壁的精細結構，可以更有效的防治病原菌，提高農作物產量。因此殼聚糖酶可以作為農業應用中的生物控制劑。