沒有經過腐熟的兔子糞便直接施入土壤內，由于糞便中含有未消化吸收完全的蛋白質、脂肪、纖維素等養分以及大量的水，因此為細菌繁殖提供了極好的條件，其現象，就是我們常說的發酵，即腐熟過程(有機肥轉換成可以被植物所吸收利用的無機物的過程)。而無論是有氧發酵還是無氧發酵，均會產生很高的熱量(我們堆肥過程中 可達到75攝氏度)，這樣的高溫下，植物根系根本無法承受，就會出現我們所說的“燒根”。微生物參與發酵而大量活動，消耗氧氣，造成土壤缺氧，將會致使生長較弱的作物死亡。糞便中含有大量病菌、毒素和寄生蟲卵，如果未經腐熟而直接施用，會污染蔬菜，易造成病從口入，增加土壤產生病害、蟲害的風險。 
　
  沒有腐熟的兔子糞便在土壤中發酵，爭奪土壤原有的氮素養分，造成土壤微環境內瞬時缺氮，影響種苗生長。未腐熟的畜禽糞便在腐爛過程中會產生大量的等有害氣體，易使蔬菜種子缺氧窒息。 糞便中含有大量的尿酸，未經腐熟轉化，直接接觸種苗，將會抑制種苗生長。