由于含PFCs產品的大量使用，以及含PFCs的工業污水進入城市污水處理廠，處理后的污水含有大量的PFCs，排放后導致自然水體受到污染。因此污水處理廠成為PFCs類污染物的重要歸趨，也成為自然水體和飲用水體中PFCs的一個重要來源。據報道，紐約6座污水處理廠出水中含有多種PFCs。 而傳統的污水處理多采用沉降、過濾(一階處理技術)、生物處理(二階處理技術)等方式，而一階處理技術對PFCs濃度幾乎沒有影響，二階生物處理由于其前體物生物降解往往還會增加出水中PFOS和PFOA濃度。同時由于每個污水處理廠的污水中摻有不同來源的工業污水，采用的生物處理工藝也不同，就造成出水中PFCs濃度有升有降。