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在神經科學的研究方法中，需要使用江蘇腦立體定位儀，是為了使各種處理手段（給藥、毀損、病毒注射等）或信號采集（微電極、探針）到達目的腦區的相應位置。下面詳細介紹腦立體定位實驗過程中的注意事項。
a. 首先根據以上的注意事項找準江蘇腦立體定位儀點。
b. 熒光、有色染料預實驗：在病毒注射之前，為了確定核團定位是否正確，推薦神經順行示蹤的DiI染料于注射后1周，神經逆行示蹤的熒光金（Flouro gold）染料于注射后2周切片，并根據圖譜來確認注入的核團位點是正確的，然后進行病毒注射，可以提高病毒標記的成功率。冰凍切片時注意，先從所要核團外開始切（還不到核團所在層面），拿到的切片對照圖譜中的一些參照物來判斷核團是否準確，并應調整切片以確認冷凍臺的角度。
c.注意小鼠的狀態：由于俯臥位和江蘇腦立體定位儀器的夾著，很容易讓小鼠引起窒息而導致的死亡，因此有必要隨時確認小鼠的呼吸。對于手術切開的部位，應適當滴加生理鹽水，防止傷口干燥。
d. 小鼠顱骨水平位定位操作：定位時將小鼠固定成顱骨水平位后，先定位到前囟，以前囟為原點，向前或向后、向左或向右、向下，到達核團位置，需要注意的點是，坐標是以前的原點，而不是以鉆孔后的腦表面為原點。
e. 熟能生巧：通過多加練習，后面可以根據所用動物的體重對坐標做相應的修正，保證一定的準確率后，立體定位也就成功了。
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