土壤由礦物質、有機質和微生物三大部分組成，是農作物生長發育的基礎。土壤中的有益微生物直接參與土壤中物質和能量的轉化、腐殖質的形成和分解、養分的釋放。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和發育過程。采用人為方式向土壤中增加有益微生物數量，就能夠增強土壤中微生物的活性，從而提高土壤的肥力。特別是農作物根際土壤微生態系的微生物活性對植物根部營養則更為重要，因此，在植物根際施用微生物肥料，就可以增加根際土壤中的有益菌的數量和活性，導致土壤肥力的增強。