作為化肥的替代品，有機肥與生物菌肥是有機農業和綠色農業的基礎之一，由于兩者各有不足，目前已經出現并迅速推廣一種兼有兩者優點的肥料——生物菌腐殖酸有機肥。 
1 瓦力生物菌腐殖酸有機肥與化肥相比：
1） 瓦力生物菌腐殖酸有機肥營養元素齊全；化肥營養元素只有一種或幾種。
2） 瓦力生物菌腐殖酸有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤板結。
3） 瓦力生物菌腐殖酸有機肥能提高產品品質；化肥施用過多導致產品品質低劣。
4） 生物生物菌腐殖酸有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。
5） 生物生物菌腐殖酸有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
2 瓦力生物菌腐殖酸有機肥與精制有機肥相比：
　　精制有機肥是畜禽糞便經過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機肥。
1）瓦力生物菌腐殖酸有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現象。
2）瓦力生物菌腐殖酸有機肥經蚯蚓 消化和后期工藝制作，殺死病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
3）瓦力生物菌腐殖酸有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。
4）瓦力生物菌腐殖酸有機肥養分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養分損失。
5）瓦力生物菌腐殖酸有機肥干凈衛生、無異味；精制有機肥未經除臭，返潮即出現惡臭。
3 瓦力生物菌腐殖酸有機肥與農家肥（傳統有機肥）的區別：
1）瓦力生物菌腐殖酸有機肥完全腐熟，不攜帶蟲卵；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）瓦力生物菌腐殖酸有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）瓦力生物菌腐殖酸有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 瓦力生物菌腐殖酸有機肥與生物菌肥的區別： 
廠家一般把普通有機肥稱為生物有機肥，生物有機肥叫做菌肥。這里要區別開來
1）瓦力生物菌腐殖酸有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌劑只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。 
2）瓦力生物菌腐殖酸有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后容易存活；而生物菌劑的功能菌可能不適合有的土壤