首先，真空系統清洗前，要了解和確定被清洗的污染物的特性。具體的清洗操作要根據污染物的特點來確定采用何種方式來進行。復雜的污染物還需要通過不同的方式進行多級反復清洗，以達到zui佳的清洗效果。
確定污染的特性之后，用戶即可相應地選擇合適的清洗方法。如溶劑清洗種類很多、適應范圍很廣，選擇溶劑時需要考慮污染物和材料的性質，針對性選用合適、有效的清洗劑和溶劑。要注意清洗溶劑多不相容，須保證換洗前清除前一種清洗溶劑；清洗過程要保證清洗液的順序在化學上是相容和可容混的，且不會有沉淀。
對于一些潔凈真空工藝，溶劑本身會造成污染，那時就不適用了。對于一些具有很強粘合度的污染物，加熱清洗等會破壞清洗表面的情況下，就可采用輝光放電清洗等等。
同時對復雜、多級清洗，要注意根據清潔的等級程度，建立合理的操作順序。如酸堿溶液切換，其間需要用純水沖洗；水溶液換成有機液需要用助溶劑進行處理等。最后的沖洗液需要盡可能的純，而且通常需要是易揮發的，以保證無殘留。
真空系統清洗完成后，要妥善安置，做好防護，避免被再次污染。
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