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莢膜染色，微生物是指包含細菌、真菌、病毒以及一些小型的寄生蟲等原生生物、顯微藻類等在內的一大類生物群體，它個體微小，與人類關系密切，涵蓋了有益或有害的眾多種類，廣泛涉及食品、醫藥、工農業、環保等諸多領域。微生物學實驗主要包含微生物染色與形態結構觀察、接種與培養、分離與純化、微生物生理生化反應、菌種保藏等。 微生物染色的基本原理，是借助物理因素或化學因素的作用而進行的。物理因素如細胞及細胞物質對染料的毛細現象、滲透、吸附作用等。化學因素則是根據細胞物質和染料的不同性質而發生的各種化學反應。微生物染色方法一般分為單染色法和復染色法兩種。前者用一種染料使微生物染色，但不能鑒別微生物。復染色法是用兩種或兩種以上染料，有協助鑒別微生物的作用，故亦稱鑒別染色法。常用的復染色法有革蘭氏染色法和抗酸染色法，此外還有鑒別細胞各部分結構的（如芽胞、鞭毛、細胞核等）特殊染色法。 微生物的染色方法很多，各種方法應用的染料也不盡相同，但是一般染色都要通過涂片、干燥、固定、染色、脫色、復染、水洗、干燥、鏡檢等一系列程序。食品微生物檢驗中常用的是單染色法和革蘭氏染色法。 單染色法是用一種染色劑對涂片進行染色，簡便易行，適于進行微生物的形態觀察。在一般情況下，細菌菌體多帶負電荷，易于和帶正電荷的堿性染料結合而被染色。因此，常用堿性染料進行單染色，如美蘭(亞甲基藍)、孔雀綠、堿性復紅、結晶紫和中性紅等。若使用酸性染料，多用剛果紅、伊紅和酸性品紅等。使用酸性染料時，降低染液的PH值，使其呈現強酸性（低于細菌菌體等電點），讓菌體帶正電荷，才易于被酸性染料染色。 革蘭氏染色法是細菌學中廣泛使用的一種鑒別染色法，1884年由丹麥醫師Gram創立。

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