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在觀察組織細(xì)胞形態(tài)改變時，特殊染色既能觀察到其組織成分的變異，又能對HE染色中看到的組織或細(xì)胞內(nèi)某些相似物質(zhì)或結(jié)構(gòu)（如膠原纖維、色素或空泡等）進(jìn)行鑒別以及區(qū)別病灶中的病原體等問題。經(jīng)過先輩不懈努力，先后創(chuàng)建了含鐵血黃素染色、結(jié)核菌抗酸染色、膠原纖維和肌纖維的Van Gieson染色及脂肪染色等。

組織化學(xué)染色是把組織學(xué)、細(xì)胞學(xué)和生物化學(xué)結(jié)合在一起的一門染色技術(shù)，應(yīng)用某些試劑或化學(xué)染料與組織細(xì)胞內(nèi)的化學(xué)成分進(jìn)行特異性反應(yīng)或染料分子結(jié)構(gòu)的某些基團與組織內(nèi)的相應(yīng)基團特異性結(jié)合而顯色，既能確定組織細(xì)胞的某些特殊成分，又能顯示出這些特殊成分在組織細(xì)胞中的分布和含量以及在病變時所發(fā)生的變化。例如顯示肝糖原的高碘酸-無色品紅（糖原PAS）染色法，組織切片先經(jīng)高碘酸氧化，使組織中含有己糖結(jié)構(gòu)的碳鍵打開，生成二醛，后者與無色品紅/雪夫結(jié)合呈陽性反應(yīng)，形成紫紅色顆粒狀復(fù)合物，可以用消化法做對照可以確定是否真的為糖原物質(zhì)。因此，PAS染色可以確定肝細(xì)胞內(nèi)糖原的存在，通過觀察糖原的分布和含量以及變化，可了解肝細(xì)胞的功能狀態(tài)。因此，蛋白質(zhì)、糖類、核酸、色素、某些金屬鹽和脂肪等特殊染色以及各種酶類的顯色反應(yīng)都屬于組織化學(xué)染色技術(shù)。

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