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在觀察組織細胞形態改變時，特殊染色既能觀察到其組織成分的變異，又能對HE染色中看到的組織或細胞內某些相似物質或結構（如膠原纖維、色素或空泡等）進行鑒別以及區別病灶中的病原體等問題。經過先輩不懈努力，先后創建了含鐵血黃素染色、結核菌抗酸染色、膠原纖維和肌纖維的Van Gieson染色及脂肪染色等。

組織化學染色是把組織學、細胞學和生物化學結合在一起的一門染色技術，應用某些試劑或化學染料與組織細胞內的化學成分進行特異性反應或染料分子結構的某些基團與組織內的相應基團特異性結合而顯色，既能確定組織細胞的某些特殊成分，又能顯示出這些特殊成分在組織細胞中的分布和含量以及在病變時所發生的變化。例如顯示肝糖原的高碘酸-無色品紅（糖原PAS）染色法，組織切片先經高碘酸氧化，使組織中含有己糖結構的碳鍵打開，生成二醛，后者與無色品紅/雪夫結合呈陽性反應，形成紫紅色顆粒狀復合物，可以用消化法做對照可以確定是否真的為糖原物質。因此，PAS染色可以確定肝細胞內糖原的存在，通過觀察糖原的分布和含量以及變化，可了解肝細胞的功能狀態。因此，蛋白質、糖類、核酸、色素、某些金屬鹽和脂肪等特殊染色以及各種酶類的顯色反應都屬于組織化學染色技術。

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