玉米秸稈也可以做非常好的有機肥料使用，利用糞便同時來發酵可以做成生物菌有機肥料，不僅有有機肥的良好肥效，同時含有的生物菌在地里土壤可以調節土壤，多種效果。 　 一、 利用畜禽糞便發酵有機肥    用雞糞、豬糞、羊糞等畜禽糞便做原料，水分控制在40%左右，約含 1.6噸左右原料＋5公斤益生菌液＋2-3公斤玉米粉混合拌均倒碎。堆成寬2米、高0.5米、長度不限的條形堆，用舊麻袋片或草簾蓋好，一般在24小時內，堆溫可升至50℃左右。48小時內，堆溫可升至60℃以上，甚至高達70℃以上，這樣的溫度春、夏、秋季節一般5-7天即可使堆中原料全部腐熟，惡臭消失，原料中的病源菌、蟲卵、草籽等全部殺死。用這種方法發酵成的肥料可稱為生態有機肥，也可稱為無公害有機肥料，這種肥料可直接使用于農作物，也可稍加晾干過篩，裝袋作為商品肥銷售。 　 二、 利用作物秸稈等發酵有機肥    用作物秸稈、樹葉、雜草、鋸末、酒糟、糠醛渣等有機廢棄物做原料。先將原料水分控制在70%左右，如原料中水分較少，要用水澆濕澆透，保證水分適當。較長的作物秸稈如玉米稈、高梁桿需進行粉碎，(因原料太長，不便拌種和翻倒。)每1000公斤干基原料用水澆濕澆透后可用5公斤菌液＋1%的豆餅或尿素拌均，撒在原料中翻倒混勻，然后堆成寬2米、高1米長度不限的條形堆，用塑料布蓋好即可。經過24小時堆內溫度可達50℃左右，48小時溫度可上升至70℃左右，經過幾天的持續高溫，堆溫逐步下降，大約二周左右時間，發酵后的原料全部腐熟，原料中的蟲卵、草籽及病源菌全被殺死，秸稈變成褐色或黑褐色，堆體比剛堆時塌陷1/3或1/2。發酵后的原料用手握之柔軟有彈性，干時很脆，容易破碎。此時秸稈等原料發酵過程全部完成，用這種方法發酵成的有機肥，可直接用于農作物做基肥使用，也可倒碎過篩，裝袋作為商品肥出售。